横坐标为barcode序列数,纵坐标为UMI 数目。绿线对应的barcode为有效细胞,灰线为背景噪音。
图中每个点代表一个细胞,散点以pANN值大小着色,颜色越深表示pANN值越大,即细胞为多胞的概率越大。
图中每个点代表一个细胞,散点颜色以多胞和单胞标识。
上图:过滤前各个样本/组中细胞基本信息的分布;图中散点以单胞和多胞着色,红色为多胞,黑色为单胞;下图:过滤后各个样本细胞基本信息的分布。
左图:各个样本单个细胞中检测到的基因数量(Y轴)分布;中图:各个样本单个细胞中检测到的UMI总数量(Y轴)分布;右图:各个样本单个细胞中线粒体基因表达量的百分比(Y轴)分布(注:凋亡中的细胞通常线粒体基因表达异常高,线粒体基因表达量可以作为鉴定样本中低质量细胞的参照指标)
图中不同颜色的点代表来源不同样本/组的细胞。X轴为UMI数量,Y轴为基因数量/线粒体百分比。
图上方的数字为uMI数量与基因数量/线粒体百分比的皮尔森相关系数。
左图:过滤前;右图:过滤后。
每个点代表一个细胞。左图:不同颜色表示不同样本/组的细胞;右图:不同颜色表示不同亚群的细胞。
左图以Seurat分群结果绘色,右图以细胞类型绘色
图中上半圈是singleR鉴定结果,下半圈是Seurat细胞聚类分群结果。圈的刻度线表示细胞数目,圈的颜色代表不同的细胞类型/细胞亚群。圈之间的连线代表细胞的鉴定结果和分群结果之间的对应关系,线越粗代表细胞亚群中越多的细胞被鉴定为目标细胞类型。
图中每列代表一个细胞,每行代表一个基因,基因在不同细胞中的表达量用不同颜色表示,颜色越黄表示表达量越高,颜色越紫表示表达量越低。
X轴是标记基因名称;Y轴是细胞亚群编号;气泡大小代表标记基因在某个亚群中表达的细胞占其在所亚群中所有细胞的比例,气泡越大则代表比例越高;气泡颜色代表标记基因在细胞亚群中的表达丰度均值,气泡颜色越深代表标记基因在该亚群中的平均表达量越高。
各个子图的标题为标记基因名称,图中每个点代表一个细胞,点颜色越偏向图例上端表示目标基因在特定细胞中表达量越高,反之亦然。
各个子图的标题为标记基因名称,图中每个点代表一个细胞,点颜色越偏向图例上端表示对应位置高表达该基因的细胞越多,反之亦然。
各个子图的标题为标记基因名称,图中每个点代表一个细胞。外缘曲线为细胞分布概率曲线,表示基因表达量为目标值的细胞的分布特征,符合目标基因表达量的细胞越多,则曲线越宽,反之亦然。
图中每一列代表一个细胞,每一行代表一个基因。颜色越偏向图例上端,基因表达量越高,颜色越偏向图例下端,基因表达量越低